Zenfone 9 現已升級 Android 13 系統，這也是首款用上 Android 13 的華碩智能手機。華碩 ZenFone 9 安卓 13 系統版本號為 33.0804.2060.65.擁有該系列機型的用戶可通過設置 > 系統 > 系統更新進行檢查更新。
了解到，此次更新還包括以下內容：
更新智能管家、聯系人、電話、緊急電話、檔案管理、計算機、時鐘、圖庫、天氣、錄音、設置、一鍵換機、本機備份等應用
調整為 Android 13 快速設定面板、通知欄與音量面板風格，新的音樂播放器與聲音輸出面板設計
系統新增通知權限功能，可至應用與通知設定調整各個應用的權限
系統剪貼板新增自動刪除與編輯器功能
安全性與鎖定屏幕設定的截徑功能新增二維碼掃描選項，新增通過未解鎖的設備控制設定
根據數位健康設定，系統配色可按照時間自動切換
調整震動與觸覺回饋強度設定，顯示與字型大小設定，與系統手勢導航小白條的長寬
將電話的鎖屏號碼設定為原生機制，會同步電話與簡訊
移除電話的通話時間設定
桌面與樣式設定新增圖示套用主題色選項，并提供更多顏色組合
華碩桌面新增鏈接 l 快速分享功能
新增系統偏好設定- 精選常用的個性化設定，可以讓使用者一鍵套用
移除電源按鈕選單樣式設定中的沉穩與優雅樣式，并新增顯示項目管理設定可控制按鈕個數
調整電話應用程式中的撥號鍵盤與聯絡人的細節頁面設計，清楚地顯示更多資訊
【已知問題】
WW-33.0804.2060.65 本軟體不包含 JP 版本用戶，并且不支持 NFC / FeliCa technology
部分第三方軟件與 Android 13 尚不相容，目前已知:
偶爾 (Teams) 撥打視訊通話后接通，無法顯示自己的畫面
(SkyLeap) 下載提示不兼容。
(NBA 2K Mobile Basketball Game) 下載提示不兼容
偶爾玩 Pokemon GO 時出現游戲閃退
